21세기 초, 지구의 인구는 이미 포화상태였다. 삼림을 밭으로 바꾸고, 과도한 경작으로 인해 토지는 황폐화되어, 심각한 식량 위기를 맞게 됐다. 조금 넘은 녹지를 차지하기 위해, 각지에서 전쟁이 발발하여 세계대전으로 발전했다. 전쟁후 게놈 당이라는 유전자 조작을 통해 이상적인 세계를 만들려는 정부하에 추진된 하나의 관리 정책으로 남녀 격리 정책이 시행되었다. 게놈당에 의해 '살인병기'로 길러진 주인공 메구리 쿄시로는 국가가 지급한 가상세계 구현 기계인 버추얼머신에서 '유리카'라는 컴퓨터가 만든 여성을 만나 사랑에 빠지게 된다. 그러던 어느 날 천재 박사 하츠카쿠의 뇌를 이식받은 말하는 개 '바벤스키'를 만나 가상세계의 '유리카'가 실존 인물이며 게놈당의 중추인 관리 센터에 있다는 얘기를 듣고 그녀를 구하러 게놈당으로 쳐들어가게 된다.
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